Identificação
Para emitir o MDF-e Rodoviário individualmente, acesse a tela de Emissão de MDF-e (menu Fiscal | Emissão de MDF-e).
→ Na tela de Emissão de MDF-e, selecione a opção "Incluir através de Conhecimentos" no menu do botão "Incluir".
Em seguida, localize e selecione o(s) Conhecimento(s) na tela de Geração de Manifestos a partir de Conhecimentos.
→ Nesta tela, é necessário que o Motorista e o Veículo já tenham sido informados previamente no CT-e.
. Caso estes dados não tenham sido preenchidos, informe o Motorista/Veículo nos quadros correspondentes e, em seguida, selecione os Conhecimentos que vão compor este MDF-e, processando a operação em seguida.
Ao importar os Conhecimentos para o MDF-e, a Série e a Data de Emissão são preenchidas automaticamente na aba 1 - Identificação. Opcionalmente, podem ser informadas a Data e a Hora previstas de Saída e de Chegada.
→ Nesta aba, também são importadas as informações relativas às Cidades de Origem e Destino, dos Veículos, do Motorista e do Contratante do Serviço.
. Caso seja necessário incluir uma Observação para o MDF-e, clique na sub-aba Observações e preencha-a no campo correspondente.
No campo "UF's do Percurso", informe os Estados pelos quais o Veículo vai passar. Clique no botão de indicação de continuidade "(...)" para exibir o Mapa do Brasil e verificar se há algum Estado entre a Origem e o Destino para ser selecionado.
Quando houver mais de um percurso possível, confirme com o responsável qual será realizado. 
Em seguida, prossiga para a sub-aba Produto Predominante e informe o Produto Transportado, a Natureza da Mercadoria e o CEP de Carregamento/Descarregamento.
Documentos
Na aba 2 - Documentos, são listados os Conhecimentos de Transporte vinculados. Se for necessário vincular outros Conhecimentos, clique no botão "Adicionar".
→ É possível incluir os Documentos de quatro modos através das opções disponíveis no menu do botão "Adicionar", sendo elas "Adicionar Conhecimentos", "Adicionar Conhecimentos pelo Código de Barras", "Adicionar Documento Externo" e "Adicionar NF-e".
. A opção "Adicionar NF-e" é habilitada somente quando não há Conhecimentos vinculados.
Opção "Adicionar Conhecimentos"
Ao selecionar a opção "Adicionar Conhecimentos", é exibida a tela de Importação de Conhecimentos. Configure os filtros de acordo com a sua necessidade, clique no botão "Localizar" e marque os documentos que devem ser vinculados ao MDF-e, confirmando a operação em seguida.
→ Se for necessário adicionar um Conhecimento que está vinculado a um MDF-e Cancelado/Encerrado, marque também a opção "Exibir lançamentos vinculados".
Opção "Adicionar Conhecimentos pelo Código de Barras"
Ao escolher a opção "Adicionar Conhecimentos pelo Código de Barras", é exibida a tela de Localização de Conhecimento pelo Código de Barras.
→ No quadro Parâmetros, insira a Chave de Acesso do CT-e/NF-e no campo correspondente, localize o documento e confirme a operação em seguida.
. Se for necessário incluir mais de um documento, basta repetir o procedimento.
Opção "Adicionar Documento Externo"
Quando é selecionada a opção "Adicionar Documento Externo", podem ser importados para o MDF-e documentos que não foram emitidos no Controle de Transportadoras. Selecione a opção desejada e realize a importação do documento.
→ Se for necessário incluir mais de um documento, basta repetir o procedimento.
Opção "Adicionar NF-e"
Ao selecionar a opção "Adicionar NF-e", é exibida a tela de Importação de NF-e. Configure os filtros de acordo com a sua necessidade e clique no botão "Localizar". Marque os documentos que devem ser vinculados ao MDF-e e confirme a operação.
Seguros
Na aba 3 - Seguros, caso não tenha sido realizada a configuração para preencher os dados do Seguro automaticamente, selecione a opção "Incluir Manualmente" no menu do botão "Incluir". Quando é selecionada a opção "Incluir Manualmente", é aberta a tela de Seguro do Manifesto.
→ Nesta tela, informe o Responsável pelo Seguro, a Seguradora contratada, o Número da Apólice e o Número da Averbação.
. Se o Responsável pelo Seguro do Manifesto for o Contratante do Serviço, é necessário localizá-lo no respectivo campo.
Quando há uma NF-e vinculada (transporte de carga própria), o preenchimento dos dados do Seguro torna-se facultativo.
Quando o sistema é parametrizado para preencher os dados do Seguro automaticamente (Responsável pelo Seguro, Seguradora e Apólice), estes campos serão preenchidos somente após a confirmação do MDF-e.
A única informação não preenchida neste momento é o Número da Averbação.
Finalização do Manifesto
Confirme a Emissão do MDF-e Rodoviário assim que realizar a conferência dos dados e tiver certeza que está tudo certo.
Ao clicar no botão "Confirmar", é exibida uma mensagem de confirmação, perguntando ao usuário se ele deseja finalizar o MDF-e.
→ Ao clicar em "Sim", a tela de Finalização do Manifesto é exibida, apresentando a Série definida nas configurações do sistema e o Número do Manifesto (na primeira emissão realizada, este campo virá preenchido automaticamente com a numeração "1").
. Caso seja a primeira emissão eletrônica realizada pela Empresa, clique em "Confirmar".
Se a Empresa já efetuava as emissões eletrônicas em outro sistema, deve dar continuidade na numeração que vinha utilizando.
Ao finalizá-lo, o sistema perguntará se o usuário deseja gerar o MDF-e. Caso escolha a opção "Não", ele poderá ser gerado posteriormente através da opção "Gerar e Enviar" do botão "MDF-e".
→ Caso a sua Empresa já efetue a Emissão de MDF-e, é aconselhável verificar primeiro se há algum MDF-e pendente de Encerramento.
. Quando a SEFAZ realiza a autorização do documento, é retornado ao sistema o status "100 - Autorizado o uso do MDF-e".
Depois de autorizado o uso do MDF-e, é apresentada a tela para imprimir o DAMDFE.
→ A impressão também pode ser realizada através do botão "Imprimir", opção "DAMDFE Padrão", e no respectivo item do Menu da tela.
Segunda a Sexta: das 8:00 às 18:00 (exceto feriados) Sábado: das 8:00 às 12:00.