Para emitir um MDF-e Aquaviário, clique no botão "Emissão de MDF-e" da Barra de Favoritos na tela inicial do sistema e selecione a opção "Emissão de MDF-e Aquaviário".
→ Para inclusões a partir da tela de Emissão de Conhecimentos, localize o CT-e e selecione a opção "Manifesto vinculado" no menu do botão "Operações".
. Para exemplificar o processo de Emissão de MDF-e Aquaviário, utilizaremos a opção de vínculo a partir da tela de Emissão de CT-e.
Realizando este procedimento, o CT-e é vinculado automaticamente ao MDF-e e os respectivos dados são importados.
Identificação
Ao importar o Conhecimento para o MDF-e, a Série e a Data de Emissão são preenchidas automaticamente na aba 1 - Identificação. Opcionalmente, podem ser informadas a Data e a Hora previstas de Saída e de Chegada, sendo que a Data de Saída é obrigatória.
→ Ainda na aba 1 - Identificação, quadro Dados do Manifesto Aquaviário, indique o Número da Viagem, Código, Tipo, Descrição e o IRIN da Embarcação, bem como a Agência de Navegação.
. Adicione as informações do Vale Pedágio / CIOT na respectiva sub-aba e, caso seja necessário incluir uma Observação para o MDF-e, clique na sub-aba Observações e preencha-a no campo correspondente.
No campo "UF's do Percurso", informe os Estados pelos quais a Embarcação vai passar. Clique no botão de indicação de continuidade "(...)" para exibir o Mapa do Brasil e verificar se há algum Estado entre a Origem e o Destino para ser selecionado.
Quando houver mais de um percurso possível, confirme com o responsável qual será realizado. 
Documentos
Na aba 2 - Documentos, é listado o Conhecimento de Transporte vinculado. Se for necessário vincular outros Conhecimentos, clique no botão "Adicionar".
→ É possível incluir os Documentos de três modos através das opções disponíveis no menu do botão "Adicionar", sendo elas "Adicionar Conhecimentos", "Adicionar Conhecimentos pelo Código de Barras" e "Adicionar Documento Externo".
Opção "Adicionar Conhecimentos"
Ao selecionar a opção "Adicionar Conhecimentos", é exibida a tela de Importação de Conhecimentos. Configure os filtros de acordo com a sua necessidade, clique no botão "Localizar" e marque os documentos que devem ser vinculados ao MDF-e, confirmando a operação em seguida.
→ Se for necessário adicionar um Conhecimento que está vinculado a um MDF-e Cancelado/Encerrado, marque também a opção "Exibir lançamentos vinculados".
Opção "Adicionar Conhecimentos pelo Código de Barras"
Ao escolher a opção "Adicionar Conhecimentos pelo Código de Barras", é exibida a tela de Localização de Conhecimento pelo Código de Barras.
→ No quadro Parâmetros, insira a Chave de Acesso do CT-e/NF-e no campo correspondente, localize o documento e confirme a operação em seguida.
. Se for necessário incluir mais de um documento, basta repetir o procedimento.
Opção "Adicionar Documento Externo"
Quando é selecionada a opção "Adicionar Documento Externo", podem ser importados para o MDF-e documentos que não foram emitidos no CT-e Prático. Selecione a opção desejada e realize a importação do documento.
→ Se for necessário incluir mais de um documento, basta repetir o procedimento.
Seguros
Na aba 3 - Seguros, caso não tenha sido realizada a configuração para preencher os dados do Seguro automaticamente, selecione a opção "Incluir Manualmente" no menu do botão "Incluir". Quando é selecionada a opção "Incluir Manualmente", é aberta a tela de Seguro do Manifesto.
→ Nesta tela, informe o Responsável pelo Seguro, a Seguradora contratada, o Número da Apólice e o Número da Averbação.
. Se o Responsável pelo Seguro do Manifesto for o Contratante do Serviço, é necessário localizá-lo no respectivo campo.
Quando há uma NF-e vinculada (transporte de carga própria), o preenchimento dos dados do seguro torna-se facultativo.
Quando o sistema é parametrizado para preencher os dados do Seguro automaticamente (Responsável pelo Seguro, Seguradora e Apólice), estes campos serão preenchidos somente após a confirmação do MDF-e.
A única informação não preenchida neste momento é o Número da Averbação.
Finalização do Manifesto
Confirme a Emissão do MDF-e Aquaviário assim que realizar a conferência dos dados e tiver certeza que está tudo certo.
Ao clicar no botão "Confirmar", é exibida uma mensagem de confirmação, perguntando ao usuário se ele deseja finalizar o MDF-e.
→ Ao clicar em "Sim", a tela de Finalização do Manifesto é exibida, apresentando a Série definida nas configurações do sistema e o Número do Manifesto (na primeira emissão realizada, este campo virá preenchido automaticamente com a numeração "1").
. Caso seja a primeira emissão eletrônica realizada pela Empresa, clique em "Confirmar".
Se a Empresa já efetuava as emissões eletrônicas em outro sistema, deve dar continuidade na numeração que vinha utilizando.
Ao finalizá-lo, o sistema perguntará se o usuário deseja gerar o MDF-e. Caso escolha a opção "Não", ele poderá ser gerado posteriormente através da opção "Gerar/Enviar" do botão "MDF-e".
→ Caso a sua Empresa já efetue a Emissão de MDF-e, é aconselhável verificar primeiro se há algum MDF-e pendente de Encerramento.
. Quando a SEFAZ realiza a autorização do documento, é retornado ao sistema o status "100 - Autorizado o uso do MDF-e".
Depois de autorizado o uso do MDF-e, é apresentada a tela para imprimir o DAMDFE.
→ A impressão também pode ser realizada através do botão "Imprimir", opção "DAMDFE Padrão", e no respectivo item do Menu da tela.